原核细胞含有细胞壁（支原体除外），原核细胞没有核仁，只有拟核。进化地位较低。细胞器只有核糖体，有细胞膜，成分与真核细胞不同。细胞较小，没有成型的细胞核，没有染色体，DNA不与蛋白质结合。
原核细胞基本结构
原核生物的基因结构多数以操纵子形式存在，即完成同类功能的多个基因聚集在一起，处于同一个启动子的调控之下，下游同时具有一个终止子。两个基因之间存在长度不等的间隔序列，如与乳糖代谢有关酶的基因。在距转录起始点-35和-10（转录起始点上游的核苷酸序列为“-”，下游的核苷酸序列为“+”）附近的序列都有RNA聚合酶识别的信号。RNA聚合酶先与-35附近的序列（称为Pribnow框）结合，然后才与-10附近的序列（称为Sextama框）结合。RNA聚合酶一旦与-10附近序列结合，就立即从识别位点上脱离下来，DNA双链解开，转录开始。除启动子外，往往还有一些调控转录的其他因子，如调节基因和操纵基因。
原核生物基因转录终止之前同样有一段回文序列结构，称为终止子，它的特殊的碱基排列顺序能够阻碍RNA聚合酶的移动，并使其从DNA模板链上脱离下来。
相比真核细胞，原核细胞也有编码区与非编码区，但无内含子，仅有外显子。
原核细胞生物种类
细菌
是在自然界分布最广、个体数量最多的有机体，是大自然物质循环的主要参与者。细菌主要由细胞壁、细胞膜、细胞质、核质体等部分组成，有的细菌还有荚膜、鞭毛、菌毛等特殊结构。绝大多数细菌的直径大小在0.5-5微米之间。可根据形状分成三类：球菌、杆菌和螺旋菌。
放线菌微米
放线菌是具有菌丝、以孢子进行繁殖、革兰氏染色阳性的一类原核微生物。因其具有分枝状菌丝、菌落形态与霉菌相似，过去曾认为放线菌是"介于细菌与真菌之间的微生物"。然而，用近代生物学技术所进行的研究结果表明，放线菌实际上是属于细菌范畴内的原核微生物，只不过其细胞形态为分枝状菌丝。从系统发育上看，放线菌（除高温放线菌外）与全部G+细菌一起同属于这一大分支中的高G+C/mol%群。
