日语的系属一直都是学术界争论的焦点、基本上可以有三类的观点:第一类观点认为日语属于阿尔泰语系、第二类观点认为日语跟朝鲜语共属于一个新的语系、第三类观点认为日语跟朝鲜语一样，都是孤立语言。
日语属于什么语系
第一类观点认为日语属于阿尔泰语系、因为日本语有着非常显着的阿尔泰语系的语言特征。
第二类观点认为日语跟朝鲜语共属于一个新的语系。持该观点的学者认为、日语的文法与朝鲜语的文法有惊人的相似度、都是使用SOV序列、两者历史上又共同受过古汉语的影响、因此有学者认为日语跟朝鲜语是阿尔泰语系和汉藏语系混合的新语系。
第三类观点认为日语跟朝鲜语一样、都是孤立语言、他们跟目前世界上已知的语系都没有关联。持该观点的学者们以「同源词问题」支持该观点。
除了上述三类观点以外、还有学者认为日语应当属于南岛语系。
日语起源
日语的起源一直是争论不休的问题。明治时代的日本人把日语划为阿尔泰语系，但阿尔泰语系这个说法已经普遍遭到否定，霍默·赫尔伯特（Homer Hulbert）和大野晋认为日语属于达罗毗荼语系，西田龙雄认为日语属于汉藏语系，白桂思（Christopher I. Beckwith）认为日语属于日本-高句丽语系（即扶余语系），列昂·安吉洛·塞拉菲姆（Leon Angelo Serafim）认为日本语和琉球语可以组成日本语系。有一种假设认为南岛语系、壮侗语族和日本语系可以组成南岛-台语门（Austro-Tai languages），即认为三者都有共同的起源。
语系是什么？
19世纪，欧洲的比较学派研究了世界上近一百种语言，发现有些语言的某些语音、词汇、语法规则之间有对应关系。人们根据不同民族和地区使用语言的近似程度，将语言分成不同的语族，如果语族之间的词汇有明显的对应关系，则进而被划分为同一语系。
